No dia 2 de junho de 1987, no Centro Educacional Azevedo Viana, reuniram-se 42 diretores de escolas do Município de São Gonçalo, e em face de algumas divergências com o Sindicato das Escolas Particulares do Estado do Rio de Janeiro, resolveram fundar a ASSOCIAÇÃO PROFISSIONAL DE ESTABELECIMENTOS DE ENSINO DE SÃO GONÇALO.
A ideia na época, era que a Associação pudesse defender os interesses das escolas particulares no âmbito de nosso município. O movimento foi organizado pelo Prof. Aurenildo Brito de Azevedo que foi eleito, em chapa única, como presidente. No mesmo dia foi aprovado o Estatuto da APEE/SG, e a partir de então a Associação passou a apreciar todas as questões das escolas, e assim levava uma tomada de decisão junto ao SINEPE/RJ.
Em 17 de setembro do mesmo ano foi autorizado, em Assembleia, o procedimento para se criar o SINEPE/SG, com o comparecimento de 87 escolas.
Em 26 de abril de 1988, foi aprovada a criação do Sindicato, sendo definido que, tão logo houvesse a publicação no Diário Oficial, seria realizada a Assembleia para eleição da diretoria, assembleia essa que ocorreu no dia 25 de outubro, sendo eleita a diretoria encabeçada pelo Prof. Aurenildo Brito de Azevedo. No mesmo ano, foi homologado o Estatuto do SINEPE/SG pelo Ministério do Trabalho, passando, assim, a ser reconhecido como SINDICATO DOS ESTABELECIMENTOS DE ENSINO DE SÃO GONÇALO.
No dia 4 de outubro de 1994 foi eleito o Prof. Vicente Wagner Costa Corteze quando, no ano de 1996, foram adquiridas e devidamente quitadas mais três salas no mesmo local, sendo realizadas obras, como a construção de um confortável auditório para que os associados tivessem um espaço apropriado para a realização de assembleias e reuniões.
No dia 16 de outubro de 2007 foi eleito o Prof. Vicente Wagner Costa Corteze, sendo também reeleito por mais uma gestão, permanecendo no cargo até novembro de 2011.